Anarchistický teoretik a zakladatel Moderní školy (Escuela moderna) se narodil v malém městě Allela nedaleko Barcelony. Ferrerovi rodiče, praktikující katolíci, neměli na syna takový vliv jako jeho strýc, který byl stoupencem svobodného myšlení a ateismu. Ferrer se stal přívržencem republikánského radikála Manuela Ruize Zorilly, žijícího ve francouzském exilu a začal pro něj pracovat jako kurýr. Roku 1885 byl pro své politické aktivity nucen opustit Španělsko a spolu s manželkou a třemi dětmi se usadil v Paříži.
Zde pracoval především jako učitel španělštiny. Po Ruizově smrti časem přešel od republikánských myšlenek k anarchismu - setkával se s Louisou Michel, Eliséem Reclusem či španělskými anarchisty žijícími v exilu ve Francii. Ferrer se začal považovat za jednoho z nich a hlásat filosofii „...suverenity jedince, svobody od institucionálního potlačování“. Ferrer se, vzhledem ke své profesi, soustředil na aplikaci anarchistických principů v oblasti vzdělávání. Vytvořil postupně koncept reformní anarchistické pedagogiky, jež měla realizovat teorii „výuky podle rozumu“ v „racionální škole“ s antiklerikální a antimilitaristickou výchovou. Výuka měla být postavena na integrálním vzdělávání chlapců i děvčat, kteří měli rozvíjet své dovednosti v nedonucovací atmosféře. První pokus o převedení Ferrerových myšlenek v praxi proběhl ve škole Paula Robina v Cempais blízko Paříže. Robin byl však záhy na nátlak konzervativních a církevních kruhů odvolán z postu ředitele školy.
V lednu 1901 Ferrer obdržel nečekané dědictví od své bývalé žákyně Jeanne Ernestine Meunie. To mu umožnilo návrat do Barcelony a vystavění první Moderní školy. Je zřejmé, nakolik odlišné byly Ferrerovy představy od tehdejší španělské „vzdělávací“ praxe, kde byly fyzické tresty na denním pořádku a většina výuky se věnovala modlení a katechismu. Ferrer považoval oficiální školství za „nástroj vlády v rukou vládnoucí třídy“, neboť „vláda používá školy k produkování loajálních občanů, církev – věrných farníků a manufaktury – poslušných dělníků“. První školu otevřel Ferrer v Caile de las Cortes v září 1901, další pobočka vznikla v textilním centru Villanueva y Gettira v roce 1905. Jiné školy přejaly Ferrerovy učebnice a metody. Koncem roku 1905 bylo takových škol v Barceloně čtrnáct, v Katalánsku, Valencii a Andalusii na 34. Ferrer také pomáhal radikálním republikánům v organizování tříd v jejich vzdělávacích centrech a 12. dubna 1906 spoluorganizoval demonstraci za světské vzdělávání.
Po bombovém útoku na oslavě krále Alfonse XIII., za kterým stál Mateo Morral - jeden z pracovníků Ferrerova nakladatelství, byl Ferrer zatčen a uvězněn v Madridu. Nakonec byl pro nedostatek důkazů propuštěn. V atmosféře sílících represí byly Moderní školy zavírány. Ferrer se vrátil do Paříže a zde spolu s dalšími založil Mezinárodní ligu za racionální vzdělávání dětí. Pokračoval také ve vydávání Buletinu barcelonské Moderní školy (Boletin de la Escuela moderna de Barcelona). Ferrer se vrátil do Španělska a věnoval téměř veškerý čas anarchosyndikalistické propagandě. Po bouřlivých událostech v roce 1909, které vyústily v generální stávku, byl zatčen a v zinscenovaném procesu odsouzen k trestu smrti. Přes silné mezinárodní protesty - a to nejen z anarchistických řad, ale např. i od G. B. Shawa, A. C. Doyla a dalších známých osobností - byla poprava 13. října vykonána.